El Instituto de Investigaciones fue creado el 21 de marzo de 1984, sobre un proyecto presentado por el Lic. Juan Araos Uzqueda, designado como docente encargado hasta 1986. Pronto se incorporó el Dr. Jorge Jiménez Orellana para colaborar en dicha gestión, su función principal consistía en evaluar y difundir los primeros proyectos de investigación de los Departamentos Académicos, actuales carreras. Después de la gestión de Rolando Ewel, en junio de 1987, fue designado como Director el R.P. Dr. Lorenzo Calzavarinni, quien se rodeó de prestigiosos intelectuales, bajo su dirección se publica la revista semestral RUNAYAY y el boletín «Nispa Ninku».